Upe vadinama nuolatinė ar laikina natūrali vandens srovė, tekanti nuolydžio kryptimi savo suformuota atvira vaga. Ją maitina paviršinis bei požeminis vanduo. Vieta, kur upė prasideda, vadinama ištakomis, o kur įteka – žiotimis. Upės, įtekančios į jūrą, vadinamos pagrindinėmis, o įtekančios į pagrindinę – pirmos eilės intakais, į juos įtekančios upės – antros eilės intakais ir t. t. Nedideli upeliai, neturintys intakų, vadinami pirmos kategorijos, tie, į kuriuos jie įteka, – antros kategorijos upėmis ir t. t. Upė su visais savo intakais sudaro upyną. Jo užimamas plotas vadinamas baseinu, o riba tarp gretimų baseinų – vandenskyra. Palei upę tęsiasi slėnis – įdubimas, atsiradęs dėl upės veiklos. Iš abiejų pusių jį riboja šlaitai. Žemiausia slėnio vieta, kuria teka upė, vadinama vaga. Slėnio dalis, užliejama per potvynius ir poplūdžius, vadinama salpa. Vagos ir sausumos sąlyčio linija yra krantas.
Lietuvoje dauguma ir nedidelių upių turi savo pavadinimus. Kai kurie jų nusako vagos dugno ypatybes (Akmena, Smeltė), vandens spalvą (Rudė, Kiaulyčia, Juodupis) ar temperatūrą (Geluža, Šalčia). Daug upėvardžių susiję su žodžiu „šventas“ (Šventoji, Šventupis, Šventelė). Šie vardai rodo, kaip senovėje vanduo buvo vertinamas ir net garbinamas. Pačiais archajiškiausiais laikomi upėvardžiai Salantas, Katra, reiškiantys upelį, tekantį vandenį, srautą.
Lietuva yra drėgmės pertekliaus zonoje, kur kritulių kiekis gerokai viršija išgarinamą drėgmės kiekį. Nutekant kritulių pertekliui, ledynmečio suformuotame reljefe susidarė tankus ir sudėtingas upių tinklas. Tankiausias jis Vidurio žemumoje, kurios paviršiuje slūgso vandeniui nelaidūs priemoliai, rečiausias – smėlėtoje Pietryčių žemumoje.
Upių tinklą labai pakeitė sausinamoji melioracija, prasidėjusi XIX a. vid. ir plačiausią mastą įgijusi XX a. antrojoje pusėje. Buvo iškasta apie 17,4 tūkst. km griovių, sureguliuota 46 tūkst. km upių ir upelių vagų. Dabar reguliuotos upių vagos sudaro 82,6 %, gamtinės – 17,4 %. Bendras upių paviršiaus plotas yra 332 km2. Upių sumažėjo iki 22,2 tūkst. Ilgesnių kaip 3 km upių ir upelių priskaičiuojama 4,4 tūkst. Didžiąją dalį upių tinklo sudaro maži, iki 3 km ilgio upeliai. Tik 17 upių yra ilgesnių negu 100 km. Kelių didelių upių versmės yra Lietuvoje, tačiau Lietuvos teritorijoje jų atkarpos trumpesnės kaip 100 km. Tai Dysna (173 km), Švėtė (118 km), Katra (109 km), Bartuva (101 km).
Didžioji Lietuvos teritorijos dalis (71,5 %) priklauso Nemuno baseinui. Šiaurinė dalis – Lielupės (Mūšos–Nemunėlio) baseinui – 13,4 %, Ventos – 8 %, Dauguvos – 2,4 %, į Baltiją įtekančių upių (Šventosios, Bartuvos, Rąžės ir kt.) – 4,1 %. Pietvakarinėje dalyje apie 65 km2 Vištyčio ežero baseino priklauso Priegliaus upės baseinui.
Nemuno baseinas yra asimetriškas, daugiausia – dešiniųjų intakų. Jo vidurupio didžiausias dešinysis intakas – Merkys su nemažais Šalčios, Varėnės, Ūlos, Luknos, Versekos, Grūdos, Spenglos baseinais. Daugiau kaip ketvirtadalis Nemuno baseino ploto tenka Neries baseinui su antros eilės intakų (Šventosios, Žeimenos, Vilnios, Vokės, Musės) baseinais. Didelę Vidurio žemumos dalį drenuoja Nevėžio baseinas su Šušvės, Obelės, Upytės, Juostos ir kitais baseinais. Rytinį Žemaičių aukštumos šlaitą apima Dubysos baseinas su Kražantės, Grįžuvos, Šiaušės, Ginėvės ir kitais baseinais. Karšuvos žemumą drenuoja Mituva. Pietvakariniu Žemaičių aukštumos šlaitu teka Jūra su Šešuvio, Akmenos–Raudės, Aitros intakais. Žemaičių aukštumos vakarinį šlaitą ir Pajūrio žemumos dalį aprėpia Minijos baseinas su Veiviržo, Salanto, Babrungo, Tenenio ir mažesniųjų intakų baseinais. Įdomi yra Danės (Akmenos), įtekančios į Klaipėdos sąsiaurį, padėtis. Jei laikysime šį sąsiaurį
Nemuno žiotimis, tai Danė priklauso jo baseinui. Didžiausias kairysis Nemuno intakas – Šešupė su Širvintos, Dovinės, Kirsnos, Novos, Pilvės, Jotijos ir kitais intakais, ji drenuoja Užnemunės lygumą ir dalį Sūduvos aukštumos. Antros ir trečios eilės baseinai, susiformavę žemumose (Nevėžio, Šešupės, Merkio), yra labiausiai simetriški, o baseinai, išsidėstę aukštumų šlaituose (Jūros, Minijos), – labiausiai asimetriški.
Lietuvos upės ganėtinai vingiuotos. Daugelis didelių vingių turi mažesnius, o šie – dar mažesnius vingius. Vingiuotumas keičiasi, kai pakinta pati upė. Didžiausi galimi upės vingiai vadinami meandromis.
Imantis ūkinės veiklos, dažnai svarbu žinoti upės srovės greitį, vandeningumą, prognozuoti ledo atsiradimą, potvynius, vandens kokybę ir kt., todėl daugelyje upių įrengti vandens matavimo postai. Pirmasis pradėjo veikti 1812 Nemuno žemupyje ties Smalininkais. Ypač svarbu kaupti ilgalaikių matavimų duomenis. Pagrindiniai upę apibūdinantys rodikliai yra kritimas (absoliučių aukščių skirtumas tarp ištakų ir žiočių ar kurioje nors jos atkarpoje), nuolydis (upės ar jos atkarpos kritimo ir ilgio santykis), nuotėkis (vandens kiekis, nutekantis iš upės baseino paviršiumi ir po žeme per tam tikrą laiką) ir debitas (vandens kiekis tūrio vienetais per laiko vienetą; gali būti apskaičiuotas srovės greitį padauginus iš vagos skerspjūvio). Nuo nuolydžio priklauso srovės greitis, nuotėkis yra upės vandeningumo rodiklis. Lietuvos upės ne itin vandeningos. Be to, jų nuotėkis kai kuriais metais labai skiriasi. Vandeningiausios Lietuvoje yra ilgesnės negu 100 km upės: Nemunas (žemupyje vidutiniškai 616 m3/s, per potvynius – iki 6820 m3/s), Neris (vidutiniškai 190 m3/s), Šventoji (55 m3/s), Venta (44 m3/s) ir kt.
Lietuvos upes maitina tirpstančio sniego, lietaus ir gruntiniai vandenys. Vakarų Lietuvos upes daugiausia papildo lietaus vandenys, Pietryčių Lietuvos – gruntiniai, Vidurio Lietuvos – lietaus ir sniego vandenys, todėl šios upės vasarą pastebimai nusenka, o žiemą iššąla. Daugumai Lietuvos upių būdingi dideli pavasariniai potvyniai bei gruntinių vandenų palaikomi žemi vasaros ir žiemos lygiai. Po liūčių pasitaikantys poplūdžiai paprastai neviršija pavasarinio potvynio lygio, išskyrus šalies vakarinės dalies upes, kurioms būdingi poplūdžiai su staigiais vandens lygio pakilimais ištisus metus, o rudens ir žiemos poplūdžiai net gali būti didesni už pavasarinius. Rytų Lietuvos upėms būdingi mažesni pavasariniai potvyniai, nežymūs vasaros poplūdžiai ir vandeningesnis žemiausias lygis.
Lietuvos upės užšąla vidutiniškai 3 mėnesiams – nuo gruodžio pabaigos iki kovo pabaigos, tačiau kai kuriais metais ledas gali išsilaikyti ilgiau arba trumpiau. Prieš upėms užšąlant, dažnai plaukia ižas. Kartais visą žiemą plaukia tik ižas, o ilgalaikė ledo danga nesusidaro. Vakarinės dalies upės užšąla vėliau, o ledas ištirpsta anksčiau ir būna ploniausias. Vėliau užšąla ir kai kurios gausiai šaltinių maitinamos Rytų Lietuvos upės. Tačiau šiose ežeringų baseinų upėse ilgiau užtrunka ledonešis, nes joms reikia išplukdyti ir ežeruose vėliau ištirpstantį ledą. Lietuvos upėms būdingi sangrūdiniai potvyniai, kai vanduo išsilieja virš ledų sangrūdos dar prieš pavasarinį potvynį. Šie potvyniai būdingi ir Nemunui, kurio vandens lygis pavasarį dėl to pakyla kelis kartus.
Vegetacijos laikotarpis upėse prasideda vandens temperatūrai pakilus iki +10 °C, paprastai balandžio pabaigoje. Vėliausiai šią temperatūrą pasiekia upės, kurias maitina gruntiniai vandenys. Jų vanduo visą vegetacijos laikotarpį išlieka šaltesnis.
Lietuvos upių augalija nedaug skiriasi nuo eutrofizacijos (nuleidžiamos į upes nevalytos nuotekos, žemės ūkyje naudojama daug trąšų ir cheminių medžiagų) upių vagos pradėjo užželti vandens augalais. Jie skatina dumblingų nuosėdų kaupimąsi, kartu mažėja lašišų nerštui tinkamų žvyringų dugno nuosėdų plotų. Natūraliomis sąlygomis anksčiau labiau užželdavo vasarą smarkiai nusenkančios Vidurio Lietuvos upės.
Upių pertvarkymas
Upės pradėtos pertvarkyti jau labai seniai. Pirmiausia buvo stengiamasi upes pritaikyti laivybai. Dar XVII a. Nemuno žemupyje Gilijos upė laivybos tikslais paversta kanalu. Nemuno ir Dnepro vandens keliui įrengti 1765–1768 iškastas Oginskio kanalas. Nemuną su Vysla 1824–1839 sujungė Augustavo kanalas. 1824 pradėtas kasti Ventos ir Dubysos kanalas nebuvo baigtas. Konstantinas Tiškevičius, 1857 tyręs Nerį ir jos krantus, taip pat ketino ją pritaikyti laivybai.
1928–1936, siekiant vandeniu aprūpinti Grigiškių popieriaus fabriką, Merkio aukštupio vandenys per Papio ežerą nukreipti į Vokės upę. 1930, norint sumažinti Lėvens potvynius, tarp jo ir Nevėžio iškastas Sanžilės kanalas. 1961–1963 iškastu kanalu Šventosios vandenys nukreipti į Nevėžį. 1959, statant Kauno HE, užtvenktas Nemunas ir atsirado didžiausias Lietuvoje tvenkinys – Kauno marios. Dar labiau upių tinklą pakeitė sausinamoji melioracija, kai buvo iškasta apie 17,4 tūkst. km kanalų, sureguliuota 46 tūkst. km upių vagų, įrengta apie 3400 tvenkinių, iš kurių seklieji labai greitai užaugo makrofitais.
Ši ūkinė veikla labai pakeitė kraštovaizdį, tad buvo susirūpinta, kaip išsaugoti natūralias upes su vaizdingais slėniais ir upių vingiais. Saugomų teritorijų sąraše yra 36 hidrografiniai draustiniai, kuriuose saugomi atskirų upių ruožai su būdingais kraštovaizdžio elementais: rėvomis, vagų vingiais, senvagėmis, salomis, kriokliais ir kt. Dėl tankaus upių tinklo mažai pakeistų upių vagų yra ir kitose saugomose teritorijose: rezervatuose, regioniniuose ir nacionaliniuose parkuose, draustiniuose. Iš viso hidrografiniuose draustiniuose saugoma apie 800 km upių vagų.